其他原料 金丝桃素 的理化性质已得到广泛研究，但对于假金丝桃素知之甚少。正如X射线衍射 ，金丝桃素不是平面的。芳香骨架的侧链相互排斥并阻止分子获得平面构象。
金丝桃素理论上有16种互变异构体，但较为稳定的是7,14-二氧异构体。在浓缩的金丝桃素溶液中，1,6-二氧代异构体缓慢转化为 7,14-二氧代异构体。稀释溶液或加入吡啶 DMSO 或其他极性化合物可加速反应。1,6-二氧互变异构体通过分子间氢键稳定在固相和浓溶液中。金丝桃素与碱金属的盐在溶液和结晶状态下均保留 7,14-二氧互变异构体的结构。
其他原料 金丝桃素具有形成联营体的亲和力。它以单分子形式溶解在常见的极性溶剂中，浓度最高可达 10 -3 mol/L。然而，在某些条件下（ 即 ，在有水的情况下），它会形成同型缔合物。同型缔合物的形式取决于金丝桃素的互变异构状态。芳核的疏水接触负责 7,14-二氧互变异构体，而氢键负责形成 1,6-二氧互变异构体的同型缔合物。这些同源化合物显着影响金丝桃素的吸收光谱，在进行 HPLC-DAD 分析时应考虑到这一点。例如，1,6-二氧代互变异构体的同型缔合物显示出高消光系数和窄吸收带 比那些 7,14-二氧互变异构体。Falk 和 Meyer 报道，金丝桃素在水中的消光系数是纯二甲基亚砜中的四分之一。
影响金丝桃素吸收光谱的其他因素是溶剂、pH、其电离、其互变异构和构象状态。从一种互变异构体到另一种互变异构体的转变只发生在溶液中。稀释、温度升高、吡啶和二甲基亚砜的添加会通过溶解金丝桃素分子来扰乱氢键，从而增强同型缔合物的解离。
其他原料 金丝桃素上酸性和碱性官能团的接近允许形成几个氢键，这些氢键在其与分子靶标相互作用的分子识别和特异性中起着至关重要的作用。X 射线数据表明，去质子化的金丝桃素形成五个短的分子内氢键，影响互变异构平衡并决定其酸碱性质。金丝桃素倾向于在极性溶剂中解离一个质子以产生金丝桃素阴离子 。阴离子影响金丝桃素的光敏特性。此外，有人建议发生分子内质子转移，并且该反应与分子内构象变化（激发态互变异构化）有关。
萘并蒽酮难溶于水，由于存在额外的羟甲基单元，假金丝桃素更易溶于极性溶剂。有人提出，原花青素可能通过形成复合物而导致萘并蒽酮在水溶液中的溶解 。 还描述了钾盐可增加植物的溶解度和可提取性。与人血清白蛋白的结合有助于金丝桃素溶解在生理水溶液中，因为它导致通常在水相中形成的聚集体解离成单体形式的金丝桃素. 萘并二蒽酮的甲醇：吡啶（99:1，v/v）标准溶液已被提议作为完全稀释萘并二蒽酮的方法。加入吡啶后溶解度提高的原因是萘并二蒽酮-吡啶复合物的形成。解决方案必须保持在黑暗中以避免光降解。然而，假金丝桃素的降解会因加入吡啶而略微加速。
